Có nhiều loại chim yến khác nhau, cách làm tổ cũng khác nhau: một số làm tổ bằng lông, một số khác làm tổ bẳng cỏ hay rơm rạ, chỉ có hai loại yến là Aerodramus fuciphagus và Aerodramus maximus làm tổ bằng nước bọt, và chỉ có loại tổ này là có thể sử dụng làm thực phẩm. Chim yến bắt đầu làm tổ vào mùa sinh sản (từ cuối tháng 3 đến giữa tháng 5), tổ được làm trong khoảng 33 - 35 ngày. Tổ được xây hình dạng như cái bát được dính vào thành hang đá (hay tường, xà nhà). Tổ yến bao gồm nhiều phiến mỏng được dệt từ nhiều sợi tơ bằng nước bọt chim yến bện vào nhau.

Sau khi làm tổ xong, chim yến bắt đầu giao phối và để trứng, chim yến thường đẻ 2 trứng, cách nhau 1 - 4 ngày. Trứng nở sau 22 - 26 ngày, chim con rời tổ khi khoảng khoảng 40 - 45 ngày tuổi. Trong suốt quãng thời gian này, cả chim bố và chim mẹ thay nhau ấp trứng và kiếm mồi nuôi con.

Dựa vào đặc tính làm tổ và sinh sản của chim yến, người ta thường thu hoạch tổ yến vào một trong 3 thời điểm:

• Khi chim yến vừa làm tổ xong, chưa kịp đẻ trứng. Tổ thu hoạch lúc này thường nhỏ hơn những lúc khác do sau khi đã đẻ trứng chim yến vẫn tiếp tục xây tổ dày thêm. Khi chim yến chưa kịp đẻ trứng mà phát hiện ra mất tổ sẽ lập tức xây lại tổ mới.
• Khi chim yến đã đẻ trứng nhưng trứng chưa kịp nở. Tổ yến thu hoạch lúc này lớn hơn, ít tạp chất, nhưng sẽ làm ảnh hưởng đến số lượng của chim yến cho trứng không nở được.
• Khi chim non đã rời tổ. Phương pháp này giúp bảo vệ số lượng chim yến và hạn chế tối đa ảnh hưởng đến đời sống của chim yến, vì chim non đã rời tổ có thể tiếp tục nhân giống, còn chim bố mẹ vào mùa sinh sản sau sẽ xây lại tổ mới. Tổ yến thu hoạch bằng phương pháp này có khối lượng lớn nhất, tuy nhiên thường lẫn nhiều tạp chất như lông, phân, do chim non đã lớn lên trong tổ yến.